负责主管全市公路和水路交通行业的市政府组成部门，正处级单位。内设办公室、财务审计科、人事教育科、规划建设科、行政审批科、运输管理政策法规科、安全监督科等7个职能科室。
(一)办公室（主任：郑建新 电话：2260128）
综合协调局机关和直属单位工作，检查、指导、督促有关交通的方针、政策、决议指示和重大事项的落实。承担局机关文电、机要、档案、保密、信访、政府信息(政务)公开、新闻宣传、档案(资料)、计生和内部规章制度建设等工作：组织和指导交通行业的调查研究工作。承担本部门重要文件、综合性文稿的起草工作。负责局有关重要会议的组织工作。承担政府采购、局机关的接待、资产、车管及安全保卫等行政后勤管理工作。组织办理人大政协议案提案。起草公路、水路交通行业信息化发展政策并组织实施。组织协调交通信息化项目研究，负责公路、水路交通行业信息和知识产权管理工作。承担涉及综合运输体系的信息化建设协调工作；归口管理和指导交通行业电子计算机应用与开发推广工作。负责机关及协调指导全市交通运输行业网站、视频会议系统、办公自动化系统、电子政务等的研发、使用、维护和管理工作。负责协调营运车辆与卫星定位系统的技术保障，负责上级及局领导有关批示和指示的督办、查办工作。
地址：莆田市交通运输局 四楼
(二)规划建设科（科长：杨燕君 电话：2685176）
负责编制全市交通行业运输生产、公路、港口、内河航道、交通工业、交通战备、港站等建设的中长期发展规划、专项规划和年度计划，并组织实施；负责拟订现代物流业发展战略和规划，指导交通建设项目的立项、可行性研究，对铁路、公路、水路项目立项、可研审批或核准提出初审意见，并组织开展项目后评价工作；依法承担铁路、港口岸线使用的审核、审批工作；综合监测分析公路、水路交通运行情况，承担有关统计和信息发布工作；承担联系、协调铁路、民航管理机构的具体工作，参与铁路、道路、水路运输与民航运输的衔接，参与地方民用机场规划和建设工作，参与开辟新铁路、航线的可行性研究。承办市委、市政府交办的涉及铁路、民航事务的有关事项。负责交通行业引进外资，对引进和设备进口及合资项目的审核、上报工作。
负责国省干线施工图设计审批、施工许可办理、较大设计变更审批；负责国省干线上的高速公路连接线项目施工许可办理以及较大设计变更审批；负责除省厅及授权的省公路管理局审核审批事项外的拟列入省、市重点工程项目基建设程序审批和施工许可的办理；负责县、乡公路独立大桥和中隧道及跨县(市、区)的三级公路(含三级)以上建设项目的工可研究、初步设计、施工图设计审查和施工许可办理。
贯彻执行交通基础设施建设的行业政策、规章和技术标准，承担公路、水路建设市场的监管工作，起草公路、水路工程建设、维护相关政策并组织实施；组织建设项目的测设验收、初步设计和开工报告的行业审查以及竣工验收。组织实施基本建设年度计划，协调交通建设工程中的有关事宜。负责审核交通基本建设项目中的重大技术问题。承担公路、水路交通基础设施建设工程的设计、监理施工、招标投标、工程建设、工程质量的监督管理工作；组织交通建设项目中重大技术问题的审核，协调交通建设工程中的重大问题；负责全市公路、水路交通基础设施的管理和维护工作；负责农村公路建设及养护管理工作；指导、督促交通战备工程建设。
起草公路、水路交通行业科技发展政策并组织实施。组织协调交通重大科技项目研究，承担公路、水路交通行业有关标准、计量、质量工作。指导交通企业的技术改造和车船更新工作。负责交通行业科技产权管理、科技成果申报和推广应用。指导公路、水路交通行业环境保护、节能减排、技术改造和自主创新工作。
地址：莆田市交通运输局 三楼
(三)财务审计科 （科长：陈志方 电话：2335118）
会同市发展和改革委员会、市财政局等部门起草公路、水路交通行业有关投融资政策，并组织实施；组织编制财务计划和事业预算，定期考核、检查、分析各项财务指标；综合编审财务会计决算。编制市级交通部门预决算草案并组织预算的执行，按规定负责交通专项资金的使用和监督管理；研究提出公路、水路固定资产投资规模和方向、财政性资金安排建议，提出利用外资和社会资金投资的规划，并组织实施；参与拟订公路、水路有关规费政策并监督实施，依法承担交通行政事业性收费的管理工作；承担清产核资、外汇、信贷有关工作。指导交通系统财务管理工作。负责交通基础设施专项建设资金的筹集工作，拟订资金使用计划，负责交通基本建设资金监督、管理。组织管理交通行业财务统计；会同办公室承担局机关国有资产管理工作，负责对直属单位国有资产实施监督管理；承担世界银行贷款项目的财务管理工作。
负责直属单位的财务审计工作。承担机关和所属单位的财政收支、财务收支、预算内、外资金的管理和使用、国有资产保值增值、经济管理和效益情况以及有关的经济活动的审计工作。对直属单位的国有资产管理、保值增值的监督、财务收支及经济效益和对交通专项资金征收、使用及管理进行审计；负责对全市交通行业基本建设项目、公路、水路交通行业建设项目资金的审计；承担市直属单位领导人员的任期(离任)经济责任审计工作；承担局机关和所属单位内部控制制度的健全性和有效性以及风险管理的评审工作；指导全市交通运输行业内部审计工作。
地址：莆田市交通运输局 三楼
(四)运输管理政策法规科（科长：姚晓锁 电话：2685490）
贯彻道路、水路运输的行业政策、规章、技术标准和运价政策。行使交通运输行业指导职能，指导公路、水路交通行业扫黄工作。组织实施现代物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担道路、水路运输市场监管工作，起草金市道路、水路运输准入制度、技术标准和运营规范有关政策；承担城市客运、出租汽车、铁路和轨道交通运营、汽车租赁等的指导工作；负责指导全市公路运输线路、营运车辆、运输场站等管理工作；负责指导车辆(不含拖拉机)维修、营运车辆综合性能检测、机动车(不含拖拉机)驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担水路运输及其辅助性经营的监督管理工作；负责指导交通运输企业减负工作。承担外商投资道路运输业的审核工作，负责指导汽车出入境运输、国际和国境河流运输的有关管理工作，按规定组织协调国家重点物资运输与紧急客货运输，参与拟订并组织实施有关交通对台政策、规划、计划，归口协调交通系统对台工作，承担市促进对台“三通”工作小组的日常工作。
指导全市交通行业法制工作。组织和指导交通行业政策研究工作，负责起草研究报告，行业政策文件。归口管理交通行政复议和应诉工作。参与起草交通运输地方性法规、规章，承担有关立法规划和协调工作，指导公路、水路交通行业法制建设，承办有关规范性文件的合法性审核工作；组织开展政策研究，起草有关政策文件；指导公路、水路交通行业有关体制改革和执法队伍建设；组织、指导公路、水路交通行业执法监督检查工作。行使公路路政的行政管理职能，主管全市公路路政管理工作。负责对在公路上乱设卡、乱收费、乱罚款的“三乱”行为进行调查、报告和处理。负责全市创建文明公路、交通系统综合治理和平安建设工作。
地址：莆田市交通运输局 三楼
(五)安全监督科（科长：俞仁洪 电话：2261661）
拟订并组织实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担公路、水路交通行业安全生产和内河水上交通安全监督管理工作；指导和协调内河水上交通管制、船舶及相关水上设施检验、登记和防治污染、水上消防、救助打捞、通信导航、船舶与安保及危险品运输监督管理等工作；承担公路、水路安全生产事故、内河水上交通安全事故、船舶及相关水上设施污染事故的应急处置，依法组织或参与以上安全生产事故的调查处理工作；参与新建设交通工程项目中涉及安全和防污染部份的设计审查、竣工验收。指导公路、水路交通行业防汛减灾、应急突发、维稳、反恐、消防工作。负责出国(境)运输船舶安全保卫工作。
地址：莆田市交通运输局三楼
(六)人事教育科（负责人：梁艳 电话：2697054）
负责局机关和直属单位机构编制、人事、教育、劳工管理等工作；指导公路、水路交通行业人才队伍建设，制定交通行业教育规划和人才培训计划；组织、指导、协调交通职业教育，承担交通系统有关培训、人才引进和继续教育工作。开展交通行业人员素质教育，指导交通职业技术教育、成人学历教育和各类培训工作。配合从事全市交通行业各工种工人职业技能培训、鉴定工作。承担交通系统专业技术职务资格评审有关工作；承担公路、水路国际合作交流和对港澳地区的合作交流工作。承担交通局党组党务日常工作和交通工会工作。负责局机关离退休干部管理工作，指导直属单位的离退休干部工作。负责落实专业技术职称、人才交流、智力引进和对外劳务合作工作。负责办理和审核出国(境)人员、船舶海员证的政审及报批手续。指导、协调交通行业的精神文明建设和思想政治工作。
负责机关党委、局机关和直属单位的党群、工青妇工作。
地址：莆田市交通运输局 三楼
(七)行政审批科（科长：李金超 电话：2260050）
行政审批工作、信用体系建设、优化营商环境及降本减负工作、公平竞争审查工作。
地址：莆田市交通运输局 三楼
